PCR( Polymerase Chain Reaction)-聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng),可以選擇性擴(kuò)增一段DNA序列。其基本步驟是,首先將待擴(kuò)增的模板DNA變性使之成為單鏈,DNA樣品中,特異性的引物能夠與其互補(bǔ)的序列雜交,在dNTPs和Taq酶存在時(shí),就可以合成模板DNA的互補(bǔ)鏈,反應(yīng)完成后,將反應(yīng)混合物加熱使DNA雙鏈變性,溫度下降后,過量的引物又可以開始第二輪的合成反應(yīng)。這種延伸-變性-退火-延伸的循環(huán)可以重復(fù)多次,使所需要的DNA片段得到特異性的擴(kuò)增。PCR檢測(cè)試劑盒反應(yīng)失敗的原因及解決方法如下:
一 、模板質(zhì)量問題:
1.模板提取不完整,其中不含你的目的基因,或目的基因含量太低。可以跑個(gè)電泳看看提取的DNA,PCR陽性樣品與陰性樣品是否有明顯差別。如果確定是這種問題,可以增加模板量試試,但不一定行得通。
2.模板里面殘留某種試劑成份,可能抑制Taq聚合酶的活性,如果是這種情況,可以用試劑盒把模板再純化一下,或?qū)⒛0遄鰝(gè)梯度稀釋以確定最佳的模板量。
3.為什么跑電泳會(huì)出現(xiàn)拖帶呢?
(1)有可能的因?yàn)槟愕碾妷赫{(diào)的太高了。電泳跟很多因素有關(guān),其中就有一個(gè)是電壓,在適當(dāng)?shù)碾妷悍秶鷥?nèi)增加是可以加快遷移速率,但是要是超到一個(gè)臨界值反而有害。你可以適當(dāng)?shù)恼{(diào)低點(diǎn)看看。
(2)有時(shí)候發(fā)現(xiàn)上樣量太多的話會(huì)有拖帶。你看能否回收之后 ,按1:50 或1:100 等稀釋后,再當(dāng)成模板擴(kuò)一次怎么樣。
二 、引物問題
1.樣品自身的基因型差異導(dǎo)致擴(kuò)增失敗。也就是說你的引物與某些基因型的樣品結(jié)合的好,而和另一些基因型結(jié)合不好?梢該Q一對(duì)更保守的引物試試。祝順利!
2.普通PCR所用的一對(duì)引物中有一個(gè)引物加多了,為正常的三倍只要引物特異性比較好,那么不會(huì)產(chǎn)生大的影響。如果恰巧是加多的這條引物不是很特異的話,也許會(huì)擴(kuò)出來非特異帶。
三、Taq酶處于失活狀態(tài)。因?yàn)榛钚越档土四艹霈F(xiàn)二聚體。
四、模板濃度過低。
五、退火溫度過高。可以做個(gè)梯度PCR試一下。
六、循環(huán)次數(shù)過少或延伸時(shí)間過短以致目的基因擴(kuò)增量不夠。這個(gè)可能性不大。
七、dNTP濃度低時(shí)PCR產(chǎn)率及特異性均增高,適合于用擴(kuò)增摻入法標(biāo)記生物素及放射性元素。當(dāng)100μl PCR液中含dNTP各40μmol/L時(shí)就足以合成2.6μg的DNA(dNTP消耗一半),所以,你不小心多加了4倍的量,會(huì)很影響PCR結(jié)果,即Taq酶活力要降低20~30%,即底物抑制。
八、PCR產(chǎn)物電泳
1.電泳圖不清晰,可能電泳緩沖液和制膠緩沖液濃度不準(zhǔn)或者臟了吧。換新的電泳緩沖液和制膠緩沖液試試。marker都出問題說明是膠的問題,或者電泳操作的問題。
2. PCR擴(kuò)增有時(shí)出現(xiàn)涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。其原因往往由于酶量過多或酶的質(zhì)量差,dNTP濃度過高,Mg2+濃度過高,退火溫度過低,循環(huán)次數(shù)過多引起。