1.非特異性擴增帶
PCR擴增后出現的條帶與預計的大小不一致,或大或小,或者同時出現特異性擴增帶與非特異性擴增帶。非特異性條帶的出現,其原因:
一是引物與靶序列不完全互補、或引物聚合形成二聚體。
二是Mg2+離子濃度過高、退火溫度過低,及PCR循環(huán)次數過多有關。其次是酶的質和量,往往一些來源的酶易出現非特異條帶而另一來源的酶則不出現,酶量過多有時也會出現非特異性擴增。
其對策有:必要時重新設計引物。減低酶量或調換另一來源的酶。降低引物量,適當增加模板量,減少循環(huán)次數。適當提高退火溫度或采用二溫度點法(93℃變性,65℃左右退火與延伸)。
2.片狀拖帶或涂抹帶
PCR擴增有時出現涂抹帶或片狀帶或地毯樣帶。
其原因往往由于
(1)酶量過多或酶的質量差
(2)dNTP濃度過高
(3)Mg2+濃度過高
(4)退火溫度過低
(5)循環(huán)次數過多
其對策有:
(1)減少酶量,或調換另一來源的酶
(2)減少dNTP的濃度
(3)適當降低Mg2+濃度
(4)增加模板量
(5)減少循環(huán)次數