一、有机肥应与化肥配合施用 当前果园施用的有机肥料90％以上为农家肥，这些肥料中含有大量的氮磷钾及一定量的中量元素（钙、镁）、微量元素（铁、硼、锰、锌、铜等）和生物活性物质，不仅能为果树提供全面营养，促进其生长，而且肥效长，可以增加和更新土壤有机质，促进微生物繁殖，增强土壤保水、保肥和供肥能力。但是，由于有机肥肥源紧缺导致其施用量有限。据相关资料报道，陕西苹果主产区只有83.1％的果园施用有机肥，其中有42％的果园施肥量不足，平均每亩施量只有1630公斤，与实际所需3000公斤的标准相差甚远，导致土壤中的营养元素满足不了生产高档果品、维持健壮树势的需求。更重要的是，果树需要养分的平衡供给，有机肥中的养分虽然十分丰富，但氮磷钾的比例和含量还不能完全满足果树生长需求。尤其是在有机肥的堆沤腐熟过程中，氮的含量会进一步下降，如果单施有机肥要满足氮的需要量，磷、钾就会过量，造成浪费；如果磷钾正好满足了果树的需要，氮肥就不足。因此，单纯施用有机肥不能同时满足果树对氮磷钾的需求，必须与化肥配合施用。
二、未经腐熟的有机肥施入后对果树有危害
1、灼伤根系 农家肥大多来源于动物粪便，富含大量的有机质。这些有机肥未腐熟时其养分状态是缓效性的，不能被果树根系直接吸收和利用，如果将其施入，在地下腐熟过程中，易产生热量造成根部灼伤（俗称“烧根”），引发根腐病。
2、营养释放与树体需肥不同步 秋季施入未经腐熟的有机肥后，由于秋冬季土壤温度低，再加上和果园土层混合，这些有机肥在地下腐熟需要较长时间。据笔者在3年前施入生粪而后几年未施有机肥的果园掘土调查，发现仍有部分生粪处在原来状态。第2年春季，地温虽然上去了，但我国北方苹果主产区春季一般雨水偏少，施入的有机肥腐熟速度仍然很慢，此时树体需要大量的营养物质来供给树体开花结果，而缓慢腐熟的有机肥所释放出的有限的有机营养根本无法满足树体的需要。同时，在腐熟过程中微生物还会消耗掉一部分果树根系土壤中原有的营养元素（如氮肥），树体往往表现营养不良。当进入第二年夏秋季后，随着雨量的增加，地温快速上升，上年示经腐熟的有有明巴腐熟速度明显加快，释放出更多的可被树体吸收的有机营养物质，导致树体生长加快，大量冒条，果实着色不良，营养生长过剩，花芽分化能力差，使大量的有机营养物质白白浪费，树体营养供给失调。
3、极易招惹地下越冬的害虫 未经腐熟的有机肥由于含有大量的动物性有机质，故而成为许多果树害虫的理想越冬场所，特别容易招惹为害果树的各类金龟子（蛴螬）、桃小食心虫、尺蠖、舟形毛虫、梨花网蝽等，对来年虫害防治极为不利。
三、有机肥的堆沤腐熟与施用 在堆沤未腐熟的有机肥时，堆肥场地要选在背风、向阳、地势高燥的地方，在堆肥地面铺农膜或选水泥地面，要将农家肥中的畜粪结块打碎，秸秆要铡碎在5厘米以下进行碾压，并要混入约3％左右的过磷酸钙和粪土翻匀后进行堆积。加入过磷酸钙主要是防止有机肥中的氮素流失，并能增加微生物的活动。堆制好后把表面用铁锨拍平，用泥抹10厘米左右厚或用农膜覆盖，四周压严，制造缺氧环境，使之尽快腐熟。农家肥堆60天左右即可腐熟。当有机肥颜色由原来的灰色变成紫色、黑色，质地松散，有恶臭味时，说明已经腐熟，要及时施入果园。把充分腐熟的有棚巴施入果园时，应选择树冠垂直投影下以外部位，开挖宽30-40厘米、深30-40厘米的施肥沟，将有机肥与适量化肥（氮、磷肥）和表土混均匀后投入施肥沟底，最后用翻出的底层生土覆盖，或进行全园撒施，撒施后翻入土层。