目前，集装箱货物海上运价体系较内陆运价成熟。基本上分为两个大类，一类是袭用件杂货运费计算方法，即以每运费吨为单位（俗称散货价），另一类是以每个集装箱为计费单位（俗称包箱价）。
1.件杂货基本费率加附加费：
（1）基本费率--参照传统件杂货运价，以运费吨为计算单位，多数航线上采用等级费率。
（2）附加费--除传统杂货所收的常规附加费外，还要加收一些与集装箱货物运输有关的附加费。
2.包箱费率（BOX RATE）：这种费率以每个集装箱为计费单位，常用于集装箱交货的情况，即CFS-CY或CY-CY条款，常见的包箱费率有以下三种表现形式：
（1）FAK 包箱费率（FREIGHT FOR ALL KINDS）--即对每一集装箱不细分箱内货类，不计货量（在重要限额之内）统一收取的运价。
（2）FCS 包箱费率（FREIGHT FOR CLASS）--按不同货物等级制定的包箱费率，集装箱普通货物的等级划分与杂货运输分法一样，仍是1-20级，但是集装箱货物的费率差级大大小于杂货费率级差，一般低级的集装箱收费高于传统运输，高价货集装箱低于传统运输；同一等级的货物，重货集装箱运价高于体积货运价。可见，船公司鼓励人们把高价货和体积货装箱运输。在这种费率下，拼箱货运费计算与传统运输一样，根据货物名称查得等级，计算标准，然后去套相应的费率，乘以运费吨，即得运费。
（3）FCB 包箱费率（FREIGHT FOR CLASS 或BASIS）--这是按不同货物等级或货类以及计算标准制订的费率。