這類蛋白因子往往含有幾個(gè)相同的指結(jié)構(gòu), 每一個(gè)指結(jié)構(gòu)具有以下的保守序列: Cys-X2-4-Cys-Phe-X5-Leu-X2-His-X3-His。這段保守序列中的兩個(gè)半胱氨酸殘基和兩個(gè)組氨酸殘基與鋅離子形成配位鍵, 形成環(huán), 因此稱為鋅指, 上述具有Cys和His的指結(jié)構(gòu)稱為Cys2/His2指。每個(gè)指結(jié)構(gòu)有23個(gè)氨基酸殘基, 指結(jié)構(gòu)之間的距離為7～8個(gè)氨基酸殘基。

另一類指結(jié)構(gòu)是Cys2/Cys2的鋅指結(jié)構(gòu), 指結(jié)構(gòu)中保守序列是:Cys-X2-Cys-X13-Cys-X2-Cys。