聚丙烯酰胺凝膠電泳可用于分析和制備小于1Kb長度的DNA片段。聚丙烯胺凝膠多用垂直平板電泳，準備凝膠時，先配制30%單體母液（29克丙烯酰胺，1克雙丙烯酰胺，加水溶解，定容至100ml），再用它來配制所需濃度的凝膠。每100ml上述液體加30μl四甲基乙胺（TEMED），混勻后即可灌注于予先準備好的潔凈不滲漏的凝膠玻板，待凝膠灌至近頂端時，立即插入合適的“梳子”，放室溫聚合60分鐘，若冬天室溫太低，則可放37度溫箱內，以促進聚合。聚合完成后，拔出“梳子”，將凝膠板固定于電泳槽中，向電泳槽傾入1×TBE，用滴管沖洗加樣孔和凝膠底部以除去氣泡，即可加樣電泳。一般所用電壓1-8v/cm，隨時觀察標記染料的遷移。電泳結束，從電槽中取出玻板并小心地撬開，凝膠浸于溴化乙錠液（0.5μg/ml1×TBE)染色，45min后放紫外燈下觀察電泳結果。