使用者对硬件不需操纵，它们可完成复杂的运行过程，完整的计算机软件可按实际需要使其执行功能。对操作者来说，图像分析仪的实际操作很少，几乎完全是通过一个称为光电鼠标（mouse）的附件来操纵的。计算机屏幕上显示出多项指令，可由光电鼠标来指明你所需要的程序，光电鼠标可控制计算机屏幕上的一个光标，移动光电鼠标也随着移动，将光标移到计算机屏幕上显示的某项功能的区域内，就表示选择了该项功能，可以开始工作，极简便。
图像分析仪主要包括输入（input）、中央信息处理机（central processor）和输出（output）三大部分。实际上，工作程序并不是一成不变的，后面的步骤的信息常会反馈到前面，于是又重复前面的程序，具体步骤如下：
1．标本成像 移动标本使需要观察的部位在电视摄像机上得到适当放大的图像，标本包括组织切片或电镜照片或照相底片等。
2．图像获取 用电视摄像机或其他方法将图像转变为电信号，在此过程中，摄像机的性能极重要，不能使用那些便宜的适用于监视的电视摄像机，一定要用使图像具有很好的清晰度的摄像机。
3．加强图像 加强电子图像（electronic image）使其更适合于分析。
4．检测检测（detection ）是图像分析过程中设法从图像中确定并且分离出需要分析灰度相的步骤，“相（phase）”是图像中我们想要测量的部分的总称。检测是通过选择一定的阈值来完成的，如果所需相比背景暗，那么所有暗于下限的东西都被选，例如相的灰度是20～50，20是下限，50是上限，背景的灰度小于20，检定时暗于灰度20的东西都被选。如果所需相比背景亮，如免疫荧光细胞化学技术的标本，那么亮于上限的东西都被选。如果所需相比背景亮，如免疫荧光化学技术的标本，那么亮于上限的东西都被选，例如相的灰度是5～20，5是下限，20是上限，背景灰度大于20，所谓上限既指比灰度20浅的亦即灰度20以下的相被选，而背景是暗于上限的，不被选作测量。如果相暗于图像某些部分而又亮于图像的另一些部分，那就要在二限之间的部分选择灰度了。
在检测过程中要使用图像框（image frame）和测量框（measurement frame）。检测只在图像框内进行，框的大小按需要而定，测量框在图像之内，是进行测量的部位。两个框之间的部分称为保险区。
图像中每个被测物都有其特有的特征计算点（feature count point, FCP）,FCP在被测物的最底点。这样当换到相邻的区域进行测量时，不会使某图形重复测量，可避免测量误差，放置标本的显微镜载物台的移动方式，可由计算机控制，用编制好的程序，使载物台按一定方式移动，也可以人工操作。图中可以看出每个部位都将通过测量框，不会遗漏。
5．阴影校正校正图像细节 直到正确无误并达到能被测量的要求。所谓阴影（shading）是指人眼看来是均匀的视场内存在着不均匀的电子反应，这使得灰度相同的图像成分由于在视场中所处位置不同而显示出不同的灰度，这种影响必须校正才能使图像得到准确测量。阴影有三个主要的来源：
（1）图像源的不均匀的光照。
（2）穿过透镜时光路发生变化引起的透镜阴影。
（3）显像管本身的图像灵敏度差异引起的扫描阴影。
任何图像分析在具体运用中都有这些阴影存在，前二者可通过精密安装图像分析仪来控制，后者可通过对显像管的质量严格筛选来减少影响。阴影可贮存起来，并且在每上次扫描时同步地从图像信号中去掉。
6．测量经以上各步骤后，可以用图像分析仪的计算机对图像进行测量来取得所需的参数，如灰度、面积、长度、个数等。原始的参数可由计算机转化成容易理解的数值，例如面积可由某图形所占像素数转化为平方微米，使观察者容易理解。
7．资料分析 将资料进行分类，并加以说明，以便做出结论。也可将资料贮存，随意可提取出来，供研究者使用。
8．其他事项
（1）标本要清洁：如果标本上有污点，研究者可分辨哪些是正常的免疫反应产物，哪些是污染引起的，但仪器不会区别，只要是电视屏幕上测量框内有的东西都会被测量，如测灰度时切片上有污点，会影响结果。
（2）电压要稳定：这一点是结合我国目前情况而言，虽然仪器使用时是通过稳压器的，也要经常注意稳压器上的电压指针是否稳定，否则也影响结果。
（3）价格问题：图像分析仪广泛应用于工业、农业、医学等领域，因此并不是价格愈贵就愈好，而要看我们的应用目的及其性能，以免购置一些用不着的昂贵的附件而造成浪费。一般可以从以下三方面来考察仪器性能：在本专业范围内应用的广度、运算的速度和操作的方便程度。
