食品中總是存在一些最小限度的生物學(xué)風(fēng)險。危害公眾健康的生物學(xué)因素（危害）包括細(xì)菌、病毒、寄生蟲、原生動物、藻類及其它們所產(chǎn)生的毒性產(chǎn)物。在這些危害中，食品中的致病性微生物、特別是致病性細(xì)菌，是當(dāng)前全球面臨的最重要問題。與細(xì)菌病原有關(guān)的風(fēng)險分析具有獨(dú)特的風(fēng)險評估特點(diǎn)。為了確保這些危害被消除或減少到一個可接受的水平，國際食品法典委員會（CAC）及其分委員會為此精心制定了大量包含為闡述這個問題而設(shè)計(jì)的程序標(biāo)準(zhǔn)和規(guī)范法典。然而，CAC認(rèn)為危害分析和關(guān)鍵控制點(diǎn)（HACCP）是迄今為止所設(shè)計(jì)的控制食源性危害的最經(jīng)濟(jì)有效的方法。在制定一個具體的HACCP計(jì)劃時，必須明確識別生產(chǎn)工序中所有可能發(fā)生的危害，并消除或減少這樣的危害到可接受水平，這是生產(chǎn)安全食品的本質(zhì)要求。不過，確定哪一個可能的危害是“實(shí)質(zhì)性的”并且應(yīng)當(dāng)?shù)玫娇刂�，將涉及到一個以風(fēng)險評估為基礎(chǔ)的危害評估。危害評估的結(jié)果將得出一個應(yīng)當(dāng)在HACCP計(jì)劃中詳細(xì)說明的顯著危害的清單。所以，食源性危害的風(fēng)險評估，包括生物學(xué)危害、化學(xué)危害和物理性危害的風(fēng)險評估，是制定HACCP計(jì)劃和建立HACCP體系的基礎(chǔ)，也是據(jù)以建立食品風(fēng)險預(yù)警機(jī)制、提出食品風(fēng)險預(yù)警措施的前提條件。
食源性危害的風(fēng)險評估應(yīng)當(dāng)基于科學(xué)理論，并且應(yīng)當(dāng)是明晰的；它的實(shí)施應(yīng)當(dāng)按照結(jié)構(gòu)性的方法進(jìn)行。此外，食源性危害風(fēng)險評估應(yīng)當(dāng)包含不確定的、假設(shè)的和可變的輸入陳述。食源性危害風(fēng)險評估應(yīng)當(dāng)隨著時間的推移，而被重新評估和重新評價，包括對費(fèi)用、資源、和時間（CAC的觀點(diǎn)）的陳述；并且，最終它應(yīng)當(dāng)是靈活且與現(xiàn)實(shí)生活的情況相聯(lián)系（OIE；OIE曾對風(fēng)險評估下的定義是：對在進(jìn)口國領(lǐng)土內(nèi)病原因子的進(jìn)入、生長、或傳播的可能性、生物性和經(jīng)濟(jì)后果的評價。這個定義不同于食源性危害風(fēng)險評估的定義，前者的本質(zhì)是“對所引進(jìn)有害生物的風(fēng)險評估”，即所謂的PRA）。食源性危害風(fēng)險評估是對人類暴露于食源性危害而導(dǎo)致對健康已知和潛在不良作用的科學(xué)評價；它是對暴露于危害所產(chǎn)生傷害的可能性和嚴(yán)重性所進(jìn)行的評價。當(dāng)考慮食品中化學(xué)或生物學(xué)危害造成的公眾健康風(fēng)險時，定量風(fēng)險評估的目的是根據(jù)某一事件的概率、根據(jù)因暴露于可能引起傷害的因子所導(dǎo)致的不良健康后果的可能性，而去得出一個數(shù)學(xué)陳述。為食源性病原體進(jìn)行風(fēng)險評估的可能的方法包括：概率柱方圖（probabalistic scenario）分析，斷層樹（fault tree）分析，事件樹(event tree)分析，以及同樣為化學(xué)物所提出的從事定量風(fēng)險評估的范例。
微生物危害一般通過兩種機(jī)理導(dǎo)致人類疾病。一種作用模式是產(chǎn)生能夠起作用的毒素，范圍從短期耐受到溫和癥狀到急性中毒，以至于產(chǎn)生慢性病或威脅到生命。第二種作用模式是，通過消化存活的有機(jī)體而傳染給寄主所產(chǎn)生病理反應(yīng)。在前一種情況下很容易界定一個閾值。這時某種生物危害物的定量風(fēng)險評估成為可能。定性和定量風(fēng)險評估都要依靠在評估過程中收集信息的類型和質(zhì)量。
當(dāng)進(jìn)行定量評估時，他們的應(yīng)用將會不同，但基本步驟是相同的，作為分析員也不會有必要的信息去建立，對于負(fù)面結(jié)果的嚴(yán)重性和/或可能性數(shù)學(xué)的估計(jì)。當(dāng)給許多生物危害評估風(fēng)險時，充足的數(shù)據(jù)量可以從事定量分析。然而，分析員將會發(fā)現(xiàn)在多數(shù)情況下，許多不確定因素將使得定量評估沒有實(shí)用性，包括如何和何時有機(jī)體可以產(chǎn)生致病性。在未來需要進(jìn)一步的研究，以作出更精確定量的評估。