生物的危害包括有害的細(xì)菌、病毒、寄生蟲(chóng)。食品中的生物危害既有可能來(lái)自于原料，也有可能來(lái)自于食品的加工過(guò)程。
微生物種類繁多分布廣泛，被劃分成各種類型。食品中重要的微生物種類包括：酵母、霉菌、細(xì)菌、病毒和原生動(dòng)物。一般而言，酵母、霉菌不引起食品中的生物危害（雖然某些霉菌產(chǎn)生有害的毒素――化學(xué)危害），只有細(xì)菌、病毒、原生動(dòng)物能引起食品的生物危害，使食品不安全。
⑴細(xì)菌危害
細(xì)菌危害是指某些有害細(xì)菌在食品中存活時(shí)，可以通過(guò)活菌的攝入引起人體（通常是腸道）感染或預(yù)先在食品中產(chǎn)生的細(xì)菌毒素導(dǎo)致人類中毒。前者稱為食品感染，后者稱為食品中毒。由于細(xì)菌是活的生命體，需要營(yíng)養(yǎng)、水、溫度以及空氣條件（需氧、厭氧或兼性），因此通過(guò)控制這些因素，就能有效地抑制、殺滅致病菌，從而把細(xì)菌危害預(yù)防、消除或減少到可接收水平――符合規(guī)定的衛(wèi)生標(biāo)準(zhǔn)，例如，控制溫度和時(shí)間是常用且可行的預(yù)防措施――低溫可抑制微生物生長(zhǎng)；加熱可以殺滅微生物。
⑵寄生蟲(chóng)和原生動(dòng)物
寄生蟲(chóng)是需要有寄主才能存活的生物，生活在寄主體表或其體內(nèi)。世界上存在幾千種寄生蟲(chóng)。只有約20％的寄生蟲(chóng)能在食物或水中發(fā)現(xiàn)，所知的通過(guò)食品感染人類的不到100種。通過(guò)食物或水感染人類的寄生蟲(chóng)有線蟲(chóng)（Nematodes/round worms）、絳蟲(chóng)（Cestodes/tape worms）、吸蟲(chóng)（Trematodes/flukes）和原生動(dòng)物。
大多數(shù)寄生蟲(chóng)對(duì)人類無(wú)害，但是可能讓人感到不舒服。寄生蟲(chóng)感染通常與生的或未煮熟的食品有關(guān)，因?yàn)閺氐准訜崾称房梢詺⑺浪惺称匪鶐У募纳x(chóng)。在特定情況下，冷凍可以被用來(lái)殺死食品中的寄生蟲(chóng)。然而，消費(fèi)者生吃含有感染性寄生蟲(chóng)的食品會(huì)造成危害。