从农业和农村经济进入新阶段以后的重大变化来看，新阶段仍面临多方面的挑战：
——粮食综合生产能力不强。农业基础还较为薄弱，水利等农业基础设施发展滞后，耕地质量不高，中低产田面积占耕地面积约 2/3。
——农业的综合效益不高。农业生产方式大多仍然是小规模经营，集约化、规模化、产业化程度偏低。农业结构调整进展也不平衡。
——农产品国际市场竞争力还比较薄弱。农产品加工的深度、水平还有待于尽快提升；农产品的标准、技术、管理、等方面与国际相关行业接轨的程度还不够紧密，要进一步在国际市场上树立中国农产品及其加工品的精品和名牌形象，促进我国农产品的出口创汇。
——农民收入增长乏力。 1996年以来，农民纯收入的增长幅度逐年下降，城乡居民收入的差距增大，1984年城乡居民人均纯收入比例为1.7：1，2003年该比值扩大为3.24：1。
——科技支撑能力不强。农业生产的规模化、专业化和多样化对科技提出了更高的要求，大幅度提高农业劳动生产率需要通过先进适用技术的广泛应用，而目前我国科技进步率只有 45%左右。
——资源与环境问题依然严峻。我国耕地面积继续减少， 2003年由于建设用地、结构调整、灾害毁坏以及生态退耕等，净减少耕地253.7万公顷。水资源供求关系依然紧张，2003年人均水资源2076立方米，全年总用水量5410亿立方米，分别比上年下降5.6%、3.0%和1.5%。生态环境建设力度加大，逐步有所好转，但水土流失、草地退化、土壤沙化等整体仍未遏制，应该引起严重关注。
——食品安全受到威胁。
——农民组织化程度偏低。全国实行生产、加工、销售一体化经营的龙头企业和农民合作经济组织虽然有了一定的发展，据有关统计，全国农民合作经济组织等带动的农户只有 1/4左右，仍有约1.7亿农户需要组织和联合起来。