根據(jù)土壤墑情施用。菌肥的最佳溫度是25℃~27℃，低于5℃、高于45℃，施用效果較差。同時(shí)還應(yīng)掌握固氮菌適宜的土壤濕度為60%左右，即見(jiàn)干見(jiàn)濕的土壤濕度最為適宜。

不能和其他農(nóng)藥混用。為防止活菌致死注意千萬(wàn)不要與殺菌劑、殺蟲(chóng)劑、除草劑和含硫化肥，如硫酸鉀等以及稻草灰混合用，因?yàn)檫@些藥、肥很容易殺死生物菌。在施用時(shí)，若施菌肥與防病蟲(chóng)、除草相矛盾時(shí)，可先施菌肥，隔48小時(shí)后，再打藥除草。若拌種，切忌和已拌好殺菌劑的種子混合使用。同時(shí)還應(yīng)防止與未腐熟的農(nóng)家肥混用，因?yàn)檗r(nóng)家肥在腐熟的過(guò)程中會(huì)發(fā)酵，這樣會(huì)直接殺死生物菌。

與化肥混用要注意化肥用量不能過(guò)大。高濃度的化學(xué)物質(zhì)對(duì)菌肥里的微生物有毒害作用，尤其注意不能與碳酸氫銨等堿性肥料和硝酸鈉等生理堿性肥料混用。

因量制宜。對(duì)于多年來(lái)用化肥的田塊施用了生物菌肥不能大量減施化肥和有機(jī)肥，因農(nóng)作物對(duì)化肥產(chǎn)生了依賴性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子適應(yīng)，因此，其取代理應(yīng)做到第一、二、三年分別取代30%、40%和60%。磷、鉀肥只能補(bǔ)足，不能減少。

因時(shí)制宜。生物菌肥不是速效肥，所以，要在作物的營(yíng)養(yǎng)臨界期和大量吸收期前7~10天施用效果最佳。

不同種類的菌肥也不宜混用。目前，市場(chǎng)上的菌肥種類很多，其所含的活性菌不同，它們之間是否有相互抵制作用還不是很清楚，若相互抵制，則會(huì)降低肥效。