其病原菌為異形葡枝霉，屬于半知菌類。其菌絲白色，有隔，分枝。分生孢子梗直立，有隔，反復(fù)輪狀分枝，產(chǎn)孢細(xì)胞近圓柱形，基部寬，末端漸細(xì)，頂部鈍。分生孢子橢圓形，雙孢，少數(shù)為單孢。培養(yǎng)15天后可產(chǎn)生厚壁孢子，呈鏈狀，有的厚壁孢子基部可分叉，基部具透明短柄或長柄。

　　病害癥狀為：染病初期，在菌袋或菌床的培養(yǎng)料表面出現(xiàn)白色菌絲體，當(dāng)溫度、濕度條件適宜時擴展速度很快，不久，白色絮狀的菌絲便可覆蓋整個培養(yǎng)料表面，即病菌的菌絲、分生孢子梗及分生孢子。幼小菇蕾受該病菌包圍侵染后，不能繼續(xù)生長而呈淡褐色死亡，成長的子實體則引起菌柄基部呈淡褐色水漬狀腐爛，病菌棉絮狀氣生菌絲可向上擴展到菌蓋處。菌柄基部腐爛后病子實體倒伏，上面長滿白色菌絲，完全失去經(jīng)濟價值，如不及時處理，不能再形成子實體，培養(yǎng)料會呈濕腐狀變質(zhì)。

　　軟腐病病原菌平時可生活在有機質(zhì)豐富的土壤中及死亡的有機物質(zhì)上。采用生料床栽或箱栽金針菇時，使用了不清潔的水拌料極易發(fā)生此病。熟料袋栽或瓶栽時，培養(yǎng)料經(jīng)過了滅菌處理，第一批菇很少發(fā)病，第2-3批菇由于補水和菇房保濕噴水或空氣中漂浮的分生孢子沉降到培養(yǎng)料上，在氣溫偏高和濕度過大以及通風(fēng)不良的條件下，有利于此病的發(fā)生，其病害一旦發(fā)生后，其傳播的速度很快。

　　該病菌在金針菇基部侵染，菌柄變褐并腐爛。進而向上發(fā)展覆蓋整個子實體，被害處呈水浸狀并逐漸變成褐色狀軟腐。該病菌也長期存活于土壤中，一般通過氣流、人體、工具及昆蟲進入菇棚，10℃左右即可發(fā)生危害，尤其在初春季節(jié)，當(dāng)氣溫逐漸升高，相對空氣不良時，發(fā)生的速度極快，危害也隨之加重。

　　防治方法：

　　1：搞好菇房內(nèi)外的環(huán)境衛(wèi)生和使用未受病菌污染的清潔水進行拌料及菇房管理用水；

　　2：出菇盡可能的控制較低的菇房溫度和進行適當(dāng)通風(fēng)，防止培養(yǎng)料表面積水；

　　3：一旦發(fā)生病害時，要及時清除并噴灑1：200倍的"施耳康"藥液，可有效控制軟腐病的蔓延；采用生料栽培時，按每噸干料加入600毫升（3瓶）"施耳康"的比例拌料。