目前，轉(zhuǎn)基因食品的安全性考證已陷入了一個怪圈：既沒有人能證明它安全，也沒有人能證明它不安全。
轉(zhuǎn)基因作物是否存在潛在危害，科學(xué)家目前還不能提供出確鑿證據(jù)，但是他們的擔(dān)心也決不是杞人憂天。在試圖改變生物鏈結(jié)構(gòu)方面，人類沒有任何經(jīng)驗，因此，無論多么小心謹(jǐn)慎都不為過。
近百年來，傳統(tǒng)雜交技術(shù)是人類生產(chǎn)高產(chǎn)優(yōu)質(zhì)糧食、蔬菜、水果及肉禽蛋的主要方法。盡管雜交也是一種簡單的基因置換，但它們卻僅限于在近親物種間進(jìn)行，因而其安全性相對較高。
和傳統(tǒng)雜交不同，轉(zhuǎn)基因技術(shù)用來改造食品的基因，通常來源于完全無關(guān)的物種，很多還是人類絕少食用的物種，例如蝎子、蛾、細(xì)菌、病毒和老鼠等。常見的做法是，將蝎子的基因植入玉米，使玉米產(chǎn)生毒素來抵御蟲害；或者將人的基因植入魚類，使魚能提供更接近人類的蛋白質(zhì)。
這些作物遺傳性狀的改變，極有可能會影響人體細(xì)胞內(nèi)蛋白質(zhì)的組成，使得蛋白質(zhì)的成分濃度發(fā)生變化或生成新的代謝物，最終可能會在人體內(nèi)產(chǎn)生有毒物質(zhì)或新的過敏源，引發(fā)致命疾病。甚至有科學(xué)家懷疑，這些轉(zhuǎn)基因會漂移到人體內(nèi)部，造成無法想象的惡果。
此外，轉(zhuǎn)基因作物對大自然的影響目前也不得而知。已有教訓(xùn)表明，任何進(jìn)入新環(huán)境的外來物種，都有可能會在當(dāng)?shù)匾�發(fā)一場生態(tài)浩劫。例如，北美曾從德國引入一種黑櫻桃樹，之后便導(dǎo)致當(dāng)?shù)氐脑�有稀有樹種滅絕；非洲把尼羅河鱸魚引進(jìn)維多利亞湖后，也使原居魚類的數(shù)量大幅減少。
轉(zhuǎn)基因作物的商業(yè)化過程只經(jīng)歷了不足10年的時間，然而，轉(zhuǎn)基因生物對環(huán)境及人體健康的影響可能需要20年、50年甚至是100年才能被發(fā)現(xiàn)。
轉(zhuǎn)基因作物一旦進(jìn)入自然生物鏈，其人造的特性和缺陷就會無休止地流傳下去，永遠(yuǎn)無法被控制或被收回，這種對大自然的破壞是不可逆的。