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过去，食品厂的微生物检查是由质量管理员对产品的中心样品进行做生物检验。
但是，只对最终产品进行微生物检查，不能达到微生物管理的目的，检查项目还需扩大，生产用水、原料、工人及机械均要检查。
1、实施整理整顿
在食品工厂实行“微生物管理”，不是探索立即消灭微生物的管理方法，而是先对肉眼看得到的食物进行管理。微生物用肉眼不能直接观察到，先要调查被微生物污染的物品，从自己身旁考虑。
微生物污染传播污染的四大媒介为：空气、水、表面、人
空气 空气携带着微生物来污染食品。每立方米的空气中至少含有60万颗尘粒，同时还存在着大量的微生物，在这样的空气条件下进行生产，肯定会污染食品。
因此，要杜绝带有大量尘埃微粒和微生物的空气污染食品的有效办法是对空气采取过滤和消毒措施。 水 从理论上来讲，微生物在纯水中是不能生长的。但是，用于生产中，还用于设施、设备清洗中的水，总会含有一定量的可溶性有机物和盐类。正是这些可溶性的物质可被微生物利用作为它们生长的养料源泉。
当带有大量尘埃粒子和微生物的水用于生产或清洗设施、设备时，就转移到食品上面，污染了食品。
因此，我们直接用于食品生产的水必须经过处理，以防止微生物通过水来污染产品。 表面 由于空气中的湿度，所有车间物体表面（包括天花板、墙壁、地面、设备、容器、工具或桌子）都包上一层含水的薄膜。表面因尘埃微粒和微生物由空气传播的回降而受到污染。
我们应该了解：一个看起来很干净的表面，实际上已经被千百万个微生物所污染，除非已经做了正确的消毒灭菌。 人 可能大家都不会想到的，人包括我们自己，是一个永不休止的污染媒介。当我们进入食品加工车间，也许将几百万细菌随我们一起带入车间。 但是，作为车间的卫生管理，质量管理员只是参与监控，而真正的实施在于员工的行动参与。
因此，为了推动微生物管理，有必要让员工广泛、深入地认识微生物，使自己的行动自觉地符合“微生物管理型行动”。
1.大肠菌群检查 自检的检查工具。标准检查法虽然规定了使用的培养基和菌数允许量，但是还需要有“自检”的简易方法及检查工具，并且使用效果要好。被检的微生物中最初步、最重要的是“大肠菌群”。
“大肠菌群”的存在，简单地说可能是粪便污染。这种细菌在食品中决不允许。市场上有使用简单的检查工具出售。还可借助灭菌棉体对机器、工具、环境、手指等进行检查。进行自检时，只要根据“有”、“无”作出“不行’和“行”的判断。
自己的手指、管路、工具均需检查，对一天操作结束后的灭菌洗净状态也应有一个要求，由于检查采用了与原料、中间产品、包装的检查相同的检查工具，所以可以逃行比较，容易管理。这些简易工具完全可检测大肠菌群，若扩大对金黄色葡萄球菌或一般细菌等检查则更理想。
2.环境微生物检查 工厂微生物污染的另一个原因是“环境”。环境微生物的检查，按正规方法需要设备和较大经费。
但是，调查空气中微生物，任何工厂都能检查。
空气中的微生物的来源有从工厂外摄入空气中的微生物及工厂内部产生的微生物。
一般用平板计数琼脂培养基，将培养皿打开一定时间后，进行培养，就可检查空气中浮游菌的数目。这种检查与检查大肠菌群一样也可由操作工人自己担任。
通过自检，不仅能知道检查结果，更重要是寻找出产生的原因及采取措施改进。
工厂环境不整洁，如工厂内管路、软管、集装箱堆放场地等布局不合理、工作场所不能充分洗净灭菌，就很难确保达到卫生的要求。因此，工厂内首先进行整理整顿、合理布局，实施“微生物抑制”，保证工人顺利开展微生物管理。
2、对工人的教育 食品工厂最大污染源之一是人。在车间，无论机械化程度如何发展，任何地方都有人存在。但是使工人接受卫生安全知识较困难。最好办法就是开展“自检”，工人通过亲身体会自然地吸收知识。工人“自检”，既可改善污染原因又增加知识，自觉地养成微生物管理型行动。
3、SSOP管理标准的制订 每一工厂都有许多各式各样的问题、若不逐步解决，微生物就不能抑制。一定先要查明原因，然后制定“微生物抑制”标准，要制定阶段性完成目标，否则成了空话。随着标准控制指标的提高，微生物管理行动进一步落实，微生物抑制也简单了。 4.杀菌剂的使用 在杀菌剂使用前，要认真研究用各种杀菌方法，包括加热、紫外线、臭氧等，要考虑杀菌剂使用所产生的后果。要选择合适的杀菌剂，根据不同杀菌对象研究杀菌剂的使用方法，要防止不必要的杀菌剂混入食品，同时也要考虑对废水处理的不良作用。
